康熙在解决了三藩、吴世璠自杀后，目光也就由西南转入东北，而当时的东北也的的确确是不安宁，这缘由也就是侵入黑龙江流域的俄罗斯人。
从明嘉靖到万历年间开始，俄罗斯沙皇伊凡四世就对西伯利亚及远东的殖民开展进程。
明崇祯九年（清崇德元年）俄罗斯人到达鄂霍次克海，征服了整个西伯利亚全境，于是这个地区就成为了俄罗斯人的殖民地。
沙俄侵略越过外兴安岭，侵入中国黑龙江流域，烧村庄、掳掠人口，抢夺粮食和貂皮。顺治元年的时候，这些人伐木造城，留兵戍守。
与康熙同时存在的，是伊凡五世的继任者——彼得一世，彼得非常想要康熙对他称臣纳贡。在康熙九年，他命令驻扎在尼布楚城的俄罗斯官员，派人来对康熙说：“尽力求得领有全部大俄罗斯、小俄罗斯、白俄罗斯独裁大君主皇帝陛下之恩惠，归依大皇帝陛下最高统治之下……大皇帝陛下必将爱护中国皇帝于其皇恩浩荡之中，并保护之，使免敌人之侵害”。这倒是像极了收小弟并且收保护费。
尼布楚俄官在到了北京以后，被康熙直接在理藩院监禁了半个月。时间到了以后，他将彼得送给康熙的礼物给了康熙，回尼布楚复命了。
这尼布楚城，清和俄罗斯在顺治年间的时候就已经有了军事和外交的沟通了。顺治九年，清的宁古塔章京海塞，驱逐所在地的俄人，但最后被俄人击败。两年后，固山额真明安达理，又逐走深如松花江沿岸的俄人，沿黑龙江而上，但还是拿雅克萨城没什么办法。
俄罗斯这边呢，先后在顺治十三年和十五年，两次派使臣来到北京，但是都是因为国的“矜夸不逊”，连顺治的面都没见到。
康熙一向沉稳，既然要对尼布楚有所行动，必然要提前探知一下，派了个正白旗都统，带了一点人去伪装成猎人，探路去了。
当探路的回来后，说“从瑷珲城到敌人的雅克萨城，坐船逆行大概需要三个月，走路只需要一个月，但是粮食和兵器只能通过船只来运送，现如今缺少四十艘大船、廿六艘小船，所差的也就是五十艘小船而已了。”
他们估计雅克萨是因为木城作为依托，还有就是有枪有炮，如果有二十门红夷大炮，就不愁拿不下雅克萨了。
康熙的想法更为成熟和聪明一点，他觉得攻城池虽然简单，但是不如先造两个木城在瑷珲和呼玛尔两个地方储存三年的粮食，一共一万二千石。粮食可以向蒙古科尔沁上旗的蒙古人征取，不足的再找锡伯乌拉征调，牛羊找索伦族的“土人”要，两个木城之间设置驿站。
康熙二十四年，准备都已经就绪了，清军到达雅克萨的近郊，一共士兵一万八千人，野战炮一百五十门，攻城炮四十门。
城中的俄军抵抗两日后投降，清军允许投降的俄军撤退逃亡尼布楚，不愿意走的俄军，被编入了满洲八旗。
清军把雅克萨烧了，回到瑷珲。
俄罗斯这边一看清军撤退了，在两个月不到以后，又来到了雅克萨城，并且在一片废墟之上建筑了土城，大炮八门、兵丁八百七十名。后来又加了白炮一门，炸弹五百个，兵丁六十六名。
清朝这边再次年四月十六再度攻来，攻了很久后，城中的俄军仅剩了一百一十五人，还在坚持，两军进入相持后，九月份的时候，康熙接受了俄军的求和，派人去和谈。
值得注意的是，主动求和的是俄军而不是清军，俄国彼得一世派了两位使者，到北京请求康熙停战，康熙允了。
又过了三年，双方的全权代表在康熙二十八年七月到了尼布楚会面，清的代表是领侍卫大臣索额图，带了一万名士兵和随从作为后盾，俄国的代表是大将果鲁囫，带的并一千五百人。
俄国的意思是，雅克萨可以让给中国，但必须要有通商的权利。
清这边的意思是，尼布楚必要的时候可以让，但中俄的边界必须至少也得以额尔古纳河为界，黑龙江的大小支流也要属于中国。
七月七日，双方第一次会议在帐篷内开始，俄国先开口说要以黑龙江为中俄两国边界。索额图说：黑龙江一带，以至于西边的色楞格河左岸之地，一向是清的土地，俄国必须把色楞格斯卡城尼布楚、雅克萨城及其全部属地，完全归还中国。
第二天，俄国要中国给出理论依据，索额图说：俄国如果必须要色楞格斯卡与尼布楚，未尝不可相让，通商贸易可而驻兵绝对不可。果鲁囫说必须要以黑龙江为界，索额图大怒，退出会议帐篷。
四天后，索额图召集手下士兵，准备用武力解决问题，果鲁囫听闻消息，一边加紧修筑防御工事，一边找人和清方沟通，表示愿意接受清方的条件，请清方不要动武。
双方在七月二十三日正式缔结条约，一共有九条，两国以额尔占纳河、格尔必齐河、绰尔纳河与外兴安岭为界。
雅克萨被毁，城内俄民被迁回俄国。
自从这个《尼布楚条约》签订以后，清和俄国保持了一百五十年的疆界规划，清廷这边认为是一次非常良好外交事件，俄国那边也觉得是俄国外交史的一次胜利。